Cloud
Die Story Quest von Cloud beginnt direkt nach dem Ende von Crisis Core. Cloud ist noch verwundet, aber bei Bewusstsein und trägt das Mastersword von Zack bzw. vormals Angeal bei sich. Als er in Midgar ankommt, denken die Einwohner, dass es sich um einen Süchtigen handelt, der sein Leben nicht mehr im Griff hat.
Cloud lungert zunehmend in die Straßen rum und hat den Sinn des Lebens verloren bis ihm TIfa, seine Jugendfreundin aus Nibelheim zufällig über den Weg läuft. In Cloud kehren sofort wieder die Lebensgeister zurück, jedoch beginnt auch seine Schizophrenie, Er vermischt seine Erinnerungen mit denen von Zack und gibt sich als ex-SOLDIER First Class aus.
Nachdem die Gespräche am Anfang noch oberflächlich und lethargisch sind, nimmt Tifa Cloud mit in ihre Bar siebter Himmel. Dort beschließt Cloud als Söldner zu arbeiten, da er gut im Kampf, Überlebenstechniken etc. ausgebildet ist. Tifa fragt ihn, wie er auf Shinra zu sprechen ist und das sie und ihre Freunde von AVALANCHE am morgigen Tag eine große Aktion gegen Shinra planen und Cloud willigt ein, dass das sein erster Job wird.
Tifa
Hier wird die Vorgeschichte erzählt, wie Tifa zu Barret und zur Widerstandsorganisation AVALANCHE gekommen ist. Nachdem sie aus Nibelheim wegzieht und in den Slums von Midgar landet, arbeitet sie als Verkäuferin an einem einfaches Imbissstand und trainiert nebenbei weiter ihre Fähigkeit als Martial Arts Kämpferin weitert.
Eines Tages ist die Gruppe aus Jessi, Biggs und Wedge Kunden bei ihr und sie verstehen sich auf anhieb und unternehmen auch privat etwas zusammen. Besonders mit Jessi versteht sich Tifa auf Anhieb, aber wird nach kurzer Zeit gewarnt, dass es hierbei um Kriminelle handelt.
Als sie zufällig erfährt, dass Shinra einen Schlag gegen die Gruppe plant, entscheidet sich Tifa jedoch endgültig für ihre neuen Freunde und stellt sich auf die Seite von Jessi & Co gegen die Shinra-Soldaten und wird somit offiziell ein Teil von Avalanche.
Aerith
Die Rückblende von Aerith behandelt verschiedene Zeitabschnitte in ihrem Leben. Zunächst wird gezeigt, wie sie mit ihrer leiblichen Mutter, Ilfana, zusammenlebt und bereits damals von SHINRA und den Turks beobachtet wird. Aerith wird zeitweise sogar eingesperrt, und es wird offenbart, dass sie in derselben Gefängniszelle festgehalten wurde, in der sie später mit Cloud einsitzt, kurz nachdem er sie gerettet hat.
Obwohl sie mit Ilfana aus dem Hauptquartier entkommen kann, endet diese Rettungsaktion wahrscheinlich tragisch mit dem Verlust ihrer Mutter. Aerith wird daraufhin in die Obhut von Elmyra gegeben, die sich fortan um sie kümmert. Dennoch führt auch ihr Leben in den Slums nicht zu einer Normalität, da die Turks unter Tseng sie aufspüren. Zusätzlich wird gezeigt, wie Aerith bereits in der Vergangenheit in der Kirche aktiv war und Mitschülern half, die von Monstern angegriffen wurden.
Tseng bleibt dabei die ganze Zeit in ihrer Nähe und beschützt sie. Als Aerith in Gedanken ein Picknick mit ihrer leiblichen und ihren Ziehmutter macht, bietet sie auch Tseng Essen an, obwohl sie niemals mit Shinra zusammenarbeiten wird.
